福建省政府出臺了《開展萬里安全生態水系建設的實施意見》，制定了水系建設的主要目標、基本原則、基本措施、組織實施等，明確2020年基本實現“河暢、水清、岸綠、安全、生態”的目標。
《意見》強調，統籌中央、省級涉及生態建設、江河治理、中小河流綜合治理、水土保持等水利專項項目和資金，集中用于安全生態水系建設。縣級人民政府應根據實施意見，按照“一河一方案一清單”的要求，編制簡要明確的實施方案，每年6月前向省水利廳和省財政廳申報。
項目采用競爭性立項等辦法進行評審。采取定額補助、績效考核并按考核結果進行獎懲的方式，對嚴格按照批復的方案和項目清單組織實施并經驗收合格的給予補助。省級按照項目工程實際投資額的一定比例予以補助，補助比例分3檔，第一檔80%、第二檔60%、第三檔50%，以項目為單位，每公里補助最高將達100萬元。
《意見》明確，按照“一年搞好試點、兩年逐步鋪開、三年初見成效、五年基本完成”的要求，至2020年完成萬里安全生態水系建設任務。使福建城鎮鄉村所在地、重要飲用水水源保護區、主要生態敏感區等所在水系生態系統得到恢復；使水量更充足、水流更自然、水質更良好，使河岸和河床更加符合自然、穩定和漸變態勢，沿河動植物尤其是水生生物更加豐富多樣，水系自身結構更加完整，防洪安全體系更加完善。
同時，結合各地實際，明確不同河段的功能定位，確定治理內容，列出項目清單，制定相應生態水系建設具體實施方案，充分體現不同地域水系的自然特色，防止千篇一律。
《意見》要求，用生態方式改善河水，改良河床，重塑河灘。通過人工濕地、生態浮島、曝氣復氧、生物膜法等生物凈化措施，結合當地政府及相關部門開展截污控污等水環境綜合整治，改善水體水質。
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