1月6日發布的《長江保護與發展報告2011》顯示，由于受工業化、城市化進程以及全球氣候變化、流域重大開發工程等的影響，長江流域的湖泊正面臨物種喪失、生態系統退化、水體富營養化、洪水調蓄能力降低和供水能力不足等問題，少數湖泊甚至面臨萎縮消亡的威脅。
《長江保護與發展報告》被稱為長江的體檢報告，今年發布的是第三部，由世界自然基金會和中國科學院南京地理與湖泊研究所、國家開發銀行聯合發布。
報告指出，受氣候變暖的影響，長江源頭和上游區冰川融水增多，多數湖泊面積短期內呈擴大趨勢，但隨著時間推移，冰川面積將大幅度減少，冰川融水將逐步減少，可能導致以冰川融水為主要補給源的湖泊萎縮甚至消亡。
中游地區湖泊因不合理圍墾，面積急劇減少，2/3以上的湖泊因圍墾而消失，湖泊蓄水容積隨之大幅減少。近60年來長江中下游地區因圍墾減少的湖泊容積相當于五大淡水湖泊蓄水總量的1.3倍，在相當程度上引發了江湖洪水位的不斷升高，導致小水大災現象頻發。
中下游地區湖泊因流域和周邊地區人口增長與經濟快速發展，以及湖泊過度圍網和圍堤養殖等，導致湖泊污染物不斷增加，湖泊水污染和富營養化程度加重。
據2007—2010年長江中下游湖泊水質監測資料，中下游77個大于10平方公里的湖泊中，77%的湖泊水質劣于III類水質，處于富營養狀態的湖泊占調查湖泊總數的88.3%。
中國科學院院士陳宜瑜在發布會上說：“長江源區和上游湖泊水量劇烈波動，中游通江湖泊受三峽工程蓄水的深刻影響，下游湖泊普遍水體富營養化。湖泊的演變及未來趨勢與效應，成為長江保護與發展領域廣泛關注和熱議的話題。這本書正是就這些問題進行了分析和探討，并提出可行性建議。”
為有效解決長江流域湖泊所面臨的問題，報告提出應明確湖泊功能定位，分類型、分層次保護；實施湖泊—流域綜合管理，采取必要的退漁還湖、退田還湖措施，保障湖泊可持續利用；控制入湖污染物總量和湖泊內源污染，切實改善湖泊水環境與水生態；優化河湖格局和功能，實施河湖連通，恢復湖泊多樣化的生態服務功能。
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