作為松花江兩大支流之一重要的上游城市，齊齊哈爾市加大松花江水污染防治力度，全市地面水污染得到較好控制、水環境質量趨于平穩。
齊齊哈爾市是我國老工業基地，老企業多、重工業比重大，這些企業在成為耗能、污染大戶同時，嫩江也成為接納各種污染物的排泄通道。為有效掌控水環境質量，徹底保護嫩江流域水環境，該市積極進行水環境功能區劃，對全市地面水體實施水環境分級管理，將嫩江齊齊哈爾江段及其支流劃分為17個水環境功能區，在嫩江干流及支流共布設監測斷面13個，實施嚴格監測。
全市制定有效措施，對造紙、化工、淀粉企業，開展定期清潔生產審計，推進工業污染源達標排放工作。對全市重點污染源進行徹底清查，將一部分重點污染企業上收為市里直管。同時，實行排污申報制度和排污許可證制度，對生產工藝落后、能源和原材料利用率低的企業，嚴格控制其允許排污量。
全市各級環保部門還全面實施對境內水體監察，加強對水源地保護區及嫩江干、支流兩岸巡查，清除冰面及沿岸行洪區內可能造成水質污染的廢棄物，告誡沿岸企業，嚴禁向江河兩岸及冰面傾倒垃圾。在冰封期來臨時，重點檢查市政及工業企業氧化塘、污水塘和污水處理廠，保證污水處理設施滿負荷運行，確保穩定達標。
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