流溪河水污染嚴重，水功能區水質達標率為零，干流下游水質常年處于劣V類的狀態。在昨日召開的廣州市第十四屆人民代表大會常務委員會第二十次會議上，廣州市法制辦主任吳明場作了關于《廣州市流溪河流域保護條例（草案）》的說明。其中提到，今后，將禁止在流溪河流域河道干支流管理范圍內新建住宅、商業用房、辦公用房、廠房、賓館酒店等建筑物、構筑物。
吳明場說，流溪河是廣州重要的飲用水源保護區。流溪河流域目前的水資源和生態情勢十分嚴峻，水資源開發利用程度過高，突破了國際公認的合理開發限度。河道斷流頻繁，河床淤積萎縮嚴重，水質污染，生態、行洪、調蓄、灌溉功能衰退。
對此，《條例（草案）》對流域交接斷面的水質目標做了規定，即流域內行政區域交接斷面水質應當于2020年年底前達到或者優于國家地表水環境質量標準類水質標準。
《條例（草案）》還規定，禁止在流域飲用水源保護區設置排污口，任何單位和個人未經許可不得在流域內河道、河涌、湖泊、山塘、水庫、灌溉渠等水體設置排污口，不得超過規定的污染物排放標準和所在水環境功能區劃的水質要求排放水污染物。
由于種種原因，流溪河流域的建設秩序比較混亂，各種對水體產生嚴重污染的建設項目隨意侵占河道，污染水體，給流域生態環境造成嚴重影響。對此，《條例（草案）》規定流域內干流河道岸線內和岸線兩側各五千米范圍內、支流河道岸線內和岸線兩側各1000米范圍內禁止建設一系列項目。
這些項目包括：設置劇毒物質、危險化學品的貯存、輸送設施和廢物回收場、垃圾場；新建、改建、擴建高爾夫球場、滑雪場、大型游樂園等旅游項目和畜禽養殖場等。
按照規定，該條例實施前已有的合法建成的項目，污染排放不符合環保標準的，或者不符合功能區規劃的，由所在區、縣級市政府在該條例實施之日起三年內組織進行搬遷；未按要求搬遷的，依法予以關閉。
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